近期，我院李雄博士团队的论文《Integration of single sample and population analysis for understanding Immune evasion mechanisms of lung cancer》发表于Nature子刊npj SystemsBiology and Applications（年文章数50篇左右）及《A clusteringmethod unifying cell-type recognition and subtype identification for tumorheterogeneity analysis》发表于IEEE/ACMTransactions on Computational Biology and Bioinformatics（CCF B类），研究围绕肺癌异质性及其免疫逃逸机制等问题开展了多源多组学大数据建模与分析。
让我们一起来看看他们的研究成果吧！
肿瘤从正常细胞发展至原位，再进展至浸润、转移，先后经历了“癌症免疫编辑”学说中免疫清除、平衡及逃逸阶段，肿瘤在免疫细胞的选择压力下，不断进化出复杂且多样的免疫逃逸“计策”。为深入理解肿瘤细胞与免疫细胞的交互机制，该团队提出了一种集成单样本分析及人群分析的基因调控网络构建框架，并用于TCGA中肺癌的免疫逃逸调控机制分析。
在此基础上，建立了一种基于Lasso-Cox的预后评分模型，用来量化肺腺癌患者的预后质量；针对单细胞转录组数据分析，设计了一种兼容细胞类型识别和亚型识别的细胞相似性度量方法UCRSI，以避免将细胞类型与细胞亚型/状态作为“同义词”混肴。该方法较好地度量了肺癌异质性，得出了鳞癌LUSC较腺癌LUAD异质性更高的结论，并且肿瘤细胞的聚类结果与病例组织学的匹配程度更好。
图1 Lasso-Cox预后风险评分模型。a、b、c、d分别为聚类1、2、3、4的Lasso-Cox预后风险评分模型的结果。根据风险评分，将样本分为高危评分组和低风险评分组。Kaplan-Meier曲线显示了风险评分与生存率之间的关系。
图2 热图显示了15个类簇中每个患者的癌细胞比例。LUSC患者的癌细胞分布更为离散，显示出更广泛的异质性。
以上研究工作由软件学院教师李雄和周娟，研究生孟旭和林扬凯等人共同参与完成，此项研究工作也得到了国家自然科学基金、江西省主要学科学术和技术带头人培养计划（青年）以及江西省杰出青年基金的资助。此外，团队近年在Science子刊Science Advances（李雄共一）及IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics（一区TOP）等高水平期刊中围绕复杂疾病生物医学大数据挖掘发表了一系列成果，均有助于学院数据科学与大数据技术专业的发展。
为鼓励全院师生科技攻关，我们进行了一个简单的采访，一起来听听李雄博士是如何说的。
以德立学
“德性，谓性至诚者也。”树人必先立德。高校教师应做到以德立身、以德立学、以德施教。“学术道德是发现问题，解决问题的必然要求。在科学研究中恪守学术诚信能使学者不掩盖，不忽视任何瑕疵，能让研究更扎实，更好地探寻真相。”谈及学术道德，李雄这样说道。
高效阅读中寻方向
“不以规矩不成方圆。”不言而喻，没有规矩，无法画出准确的方和圆。同样，没有科学的阅读方法，不仅无法提高学习效率，甚至会徒劳无功。只有讲究科学的方法和熟练的技巧，才能提高读书的效率，获得更多有价值的信息和知识。
众所周知，研究方向的确立对于同学们来说意义重大。而在科研过程中为确立研究方向，我们需要阅读大量的论文文献。李雄认为，阅读文献是确定研究方向的重要渠道。在文献阅读方面，李雄为大家总结了一些相关经验和方法。“文献阅读是一个长期系统的过程，文献量大并且有些文献不一定能一次领会其精髓，因此要善于文献要点的归纳总结与反思，更要注意高质量文献的深挖，比如对文献的实验结果加以重现。此外，研究方向的确定也不是一蹴而就的，也是要根据预实验和最新文献加以不断迭代。”
求学之路上遇良师
“求学路无期，心之向往；求学路漫漫，虽远莫阻。”作为软件工程专业的同学，在求学路上应具备哪些能力和素养，李雄提出以下几点建议：1.加强动手能力和沟通能力。2.将脑中的想法付诸实践，并定期与导师沟通实验进展，讨论下一步工作方案，能显著提升科研效率。3.在学习的过程要克服拖沓、畏难的情绪。
近年来，软件学院积极创造良好的科研氛围与团队协作条件，教师们潜心钻研，将教学与实践相结合，同时在江西省高水平本科教学团队、“双千计划”人才、省科学技术奖等各奖项评选中均有所进步，以高质量、高水平的教学科研成果助力学院内涵式发展。未来，学院将进一步落实引才育才的政策，激励学院教师与学生一起勇攀高峰，在教学科研上取得更大突破。
在寻常的日子中做着不寻常的事，“林深常得蛟龙在，梧高自有凤凰栖”，软件科研期待与你的故事。
编辑 / 陈锦瀚
责任编辑 / 李婉婷 周鸿
审核 / 马子惠
